سیاه شدگی دانه برنج :
عامل بیماری : xanthomonas oryzae
بیماری پوسیدگی سیاه ابتدا بوسیله Iwadura (1931) در ژاپن شرح داده شده است. این بیماری از كره، منچوری و تایوان نیز گزارش گردیده است.
علائم بیماری :
علائم بصورت سیاه شدگی قسمتی یا لكه‌های سیاه رنگ در انتها یا در وسط گاهی در قاعده دانه پوست كنده می‌باشد.
عامل بیماری در لایه الورن و قسمت بالایی آندوسپرم نفوذ كرده، باعث مرگ بافت آلوده و در نتیجه تغییر رنگ آنها به سیاهی می‌شود عامل بیماری به نام Pseudomonas itoana می‌باشد كه بوسیله Tochinai نامیده شده است ولی بعداً بوسیله Dowsond به Xanthomonus تغییر نام یافت. Tochinai عامل بیماری را به این صورت شرح داده است كه میله‌‌ای كوتاه با دو انتهای گرد می‌باشد.
به اندازه (8/0-5/0 × 5/3-2/1 میكرومتر) به تنهایی یا جفتی دارای 2-1 تاژك یك قطبی است و آندوسپور و كپسول ندارد. این باكتری هوازی بوده، ژلاتین را ذوب نكرده قدرت تجزیه كنندگی آن ضعیف و نیترات را احیاء كرده، تولید اسید یا گاز از قند یا گلیسرین نكرده شیر را بسته ولیتموس را به مدت خیلی طولانی قرمز نموده، تولید اندل می‌كند ولی ایجاد آمونیاك نمی‌كند.
حرارت مناسب آن 29 درجه سانتیگراد، ماكزیمم 38 درجه مینیمم 10 درجه و نقطه مرگ آن 51-50 درجه بوده و گرم منفی است.
در ایران خوارزمی (1345) باكتری ژانر Xanthomonas را از بذر برنج جدا و گزارش نمود. زاكری (1359) نیز طی سالهای 1356 و 1357 آن را از بذر رقم آمل یك با استفاده از محیط كشت LPEA و روش له كردن بذور و از جنین جدا كرده و پس از خالص كردن و رنگ‌آمیزی و تست‌های بیوشیمیایی به این نتایج رسید كه این باكتری گرم منفی، با تونه‌ای شكل و دارای یك تاژك یك قطبی و بلند است.
نشاسته را هیدرولیز نكرده، ژلاتین را هم ذوب نمی‌كند و تولید SH2 نمی‌نماید. نیترات را به نیتریت تبدیل كرده و روی قطعات سیب‌زمینی را له نكرده و حالت عسلی ندارد كه از جهاتی، مانند تولید SH2 و ذوب ژلاتین، با X.oryzae تفاوت دارد. باكتری اخیر سبب خشكیدگی برگها و آلودگی بذور شده و 1968 و Srivastava & Rao ثابت نموده‌اند كه این باكتری می‌تواند از راه ریشه‌های سالم یا زخمی وارد دستگاه آوندی میزبان شود.
Fang و همكارانش در سال 1956 مشاهده كردند كه باكتری در گلومهایی كه بیمار هستند، منبع اولیه آلودگی و انتقال است. باكتری عامل بیماری از راه زخمهای برگ یا از محل تغذیه تریپس و زنجره‌ها نیز وارد می‌شود.
(Tomploton, 1962) سیاه شدگی شالی رقم سونا (آمل3) در سال 1360 در منطقه آمل در مزارعی كه به منظور ازدیاد این رقم كاشته شده بود، بشدت مشاهده گردید كه خسارت زده و سبب پوكی دانه‌ها و كاهش محصول گردیده بود.
X. oryzae بسته به شرایط محیطی علائم مختلفی روی برنج ایجاد می‌كند، در نواحی معتدله، خطوط شفاف در طول برگ دیده می‌شود كه ممكن است تولید لكه نماید و قطرات كهربایی رنگ از محل آلوده ترشح شود. باكتری از بین روزنه‌های حاشیه برگ وارد شده و باعث محدود شدن رشد گیاهچه‌ها و یا مرگ آنها پس از انتقال در زمین اصلی می‌گردد. باكتری X. oryzae خطوط قهوه‌ای رنگ روی برگ برنج ایجاد می‌كند.
در آزمایشی كه بصورت ضد عفونی بذر با سموم مختلف انجام شد و روی محیط كشت مالت آگار كشت گردید، قارچكش بنومیل موثر بود و روی هیچكدام از بذور كشت داده شده، باكتری رشد نكرده بود.